Menurut cerita turun menurun Desa Sucen pada jaman dahulu adalah hutan belantara yang sama sekali tidak ada penduduk, sejarah berdirinya Desa Sucen berawal ketika ada seorang abdi dari keraton Mataram yang bernama Raden Suci berpangkat bekel melakukan perjalanan keluar keraton mengemban tugas dari Raja untuk mencari daerah / wilayah sebagai tempat tinggal dan penjagaan tanah kekuasaan mataram kuno di wilayah Alas mentaok ( sekarang bernama Jogjakarta) yang pada waktu itu kekuasaanya sampai ke wilayah tanah jawa bagian selatan (sekarang bernama Magelang) sekitar ± Tahun 1600 M.
Dalam masa pengembaraannya beliau beserta abdi lainya berusaha mencari daerah yang cocok untuk mendirikan pemerintahan dibawah kekuasaan kraton mataram dan tibalah di daerah yang sesuai dengan petunjuk dan keingunan bekel Suci.
Setelah beberapa tahun kemudian daerah tersebut berkembang dengan dipimpin beliau sehingga menjadi wilayah pemerintahan kecil dan membentuk sebuah Desa yang sampai sekarang disebut Desa Sucen. Sebutan Sucen berasal dari nama bekel Raden Suci tersebut yang kemudian di istilahkan wilayah kekuasaan kepemimpinan Bekel Suci dan lebih dikenal dan diucapkan dengan kata Sucen.
Adapun nama – nama yang pernah menjabat Kepala Desa Sucen :
1. Kepala Desa I : R. Bekel Suci Tahun 1875
2. Kepala Desa II : R. Wiryorejo Tahun 1901
3. Kepala Desa III : R. Afandi Tahun 1967
4. Kepala Desa IV : M. Yazit Mangku Sudiro Tahun 1982
5. Kepala Desa V : Rohmad Subari Tahun 1990 (Pj. Kades)
6. Kepala Desa VI : Slamet Suharto Tahun 1991
7. Kepala Desa VII : H. Hartono Tahun 1999
8. Kepala Desa VIII : Achmad Saridjo Tahun 2003 (Pj. Kades)
9. Kepala Desa IX : Dra. Hj. Eny Muryani Tahun 2004
10. Kepala Desa X : Mashudi, SH Tahun 2014 (Pj. Kades PNS Kabupaten)
11. Kepala Desa XI : Drs. Supriyono Tahun 2015 (Pj. Kades PNS kabupaten)
12. Kepala Desa XII : Rahmad, S.Ag Tahun 2016 -2022